Die operative Behandlung des Morton-Neuroms erfolgt meist durch eine Neurektomie oder eine Dekompression des betroffenen Nervs. Bei der Neurektomie wird der verdickte Nervabschnitt vollständig entfernt, wodurch die Schmerzen dauerhaft beseitigt werden. Dies kann jedoch zu einem Taubheitsgefühl in den betroffenen Zehen führen, das in der Regel gut toleriert wird.
Die Dekompression ist eine weniger invasive Methode, bei der umliegende Strukturen, wie die Bänder zwischen den Mittelfußknochen, durchtrennt werden, um den Druck auf den Nerv zu reduzieren. Diese Methode wird bevorzugt, wenn der Nerv noch nicht stark geschädigt ist.